忽必烈在一次意外事件中得罪了秦始皇，乘机逃亡途中不幸坠亡于阿拉斯加。
只有凯撒及时抽身而退，在ET0主要力量被面壁者剿灭殆尽后，作为七人唯一的军事指挥官和自由派领导人，凯撒彻底脱离ETO，自身也消声灭迹。
除了智子，谁也不知道他在哪里。
秦始皇赢得了这场『黑暗战役」的最终胜利。
危机纪元38年，ET0的最大威胁：面壁者罗清闭关了，秦始皇凭藉思想钢印装置，以及自身的威望和强大执行力，很快就让濒临消失的ET0起死回生。
尽管大多数ETO组织老人因不满秦始皇的领导而选择向PDC投诚，但这仍然没有影响秦始皇领导下ETO的发展速度。
危机纪元50年，秦始皇领导下的ET0迎来了史上最高峰，地球三体组织的核心组织成员达到了数万人的规模，外围成员更是一度高达数十万人，这引起了PDC的注意。
PDC开始组织全民筛查和来回扫荡，甚至考虑使用思想钢印装置来进行反方向渗透，
但最终都以失败告终。
危机纪元53年，秦始皇病逝后，继任者胡亥成为了地球三体组织的第四任领导人，但与雄才伟略，敢于直接拒绝智子命令的的秦始皇不同，胡亥所引领的ETO，完全成为了智子的傀儡和附庸。
在智子的命令下，胡亥组织了数次武装攻击活动，其中较大规模的成功袭击有三次。
代号「治癌」行动中，ET0利用球状闪电攻击南极冬眠基地，但在南极守军电磁偏转防御装置的作用下，球状闪电武器被成功防御，但后续的中程弹道飞弹袭击仍然造成了数千名冬眠者的死亡。
代号「反巴别塔」行动中，ET0通过数字生命内应，篡改军用电脑，控制无人机蜂群（MOSS未接入军用网络），利用无人机攻击太空电梯、这直接致使三号太空电梯的中转站「方舟号」空间站坠落。
