渊底菌平时对文明居民没有危害，它们也被认为是一种简单的生物，但渊底菌实际上有着……智能。
它平时会长出一些类似眼睛的结构对层叠文明社会进行观察，但它只是看着……一直看着。
直到层叠文明灭亡并制造出安全区后，一部分渊底菌也进入了安全区内。
它用很短的时间就占据了整个安全区，同时杀死了原本在安全区内居住的居民，这也是渊底菌唯一一次杀死文明生物的时候。
在这之后，渊底菌改造了安全区内的所有设施，把它们改造成了属于自己的娱乐设施。
它的娱乐实际上就是构造文明的……雕塑。
它一直都在安全区内制造出整个层叠文明的微型雕塑，然后过一段时间又把这些雕塑拆了，继续制造新的。
每次制造出来的雕塑都是不同时期的层叠文明，渊底菌似乎对观察文明这种事情非常喜欢，因此文明灭亡了之后它还在持续地构造并观察，这种行为一直持续到最后灾难的发生。
渊底菌是第一个注意到灾难发生的安全区生物，它也一直在观察灾难，并将它的过程记录了下来。
这场灾难其实和之前琳见到的类似，就是大部分物质转化成了‘能量’开始向着一个地方涌动，虽然灾难开始时有很大一部分物质瞬间变化成能量，但后来却变得缓慢并持续了很长一段时间。
