NERV总部指挥中心，刚刚还带着些许轻松的气氛瞬间冻结。
葛城美里一拳砸在控制台上，脸色铁青：「立刻终止测试！强制弹出插入栓！"
「不行！弹出系统失效！三号机————不，是使徒，它隔绝了所有外部指令！」操作员的声音带着绝望。
「让零号机出击！」美里立刻下令。
「零号机仍在修复中，无法启动！」技术人员的回答击碎了最后的希望。
唯一的选项，只剩下初号机。
此时，正满怀期待的想要去赴与父亲之间久违的父子局的碇真嗣，被紧急通讯截停，要求他立刻赶往最近的地下入口，准备驾驶初号机出击。
「又是使徒————偏偏是今天————」真嗣咬着牙，一股难以言喻的怒火在他心中燃烧。
这怪物毁掉了他好不容易才鼓起勇气去尝试的、与父亲沟通的机会。
他带着这股迁怒般的情绪，快速进入初号机，被发射至地面。
然而，当他驾驶初号机抵达松代试验场，看清了敌人的模样，并通过通讯频道接收到作战指令时，他所有的愤怒、所有的怨气，都在瞬间被一股彻骨的冰寒所取代。
「目————目标是————三号机？」他难以置信地重复着指令，「可是————明日香在里面啊！」
葛城美里沉重而急促的声音传来：「真嗣！三号机已被第九使徒完全寄生并控制！明日香无法脱离！你的任务是————击破三号机，消灭使徒！」
击破三号机————消灭使————
这意味着，他要亲手攻击，甚至可能————杀死明日香？
