法源寺名下有寺田二十三万亩，追缴二百六十三年的田赋，那就是四百五十万石粮食，大概三百万两银子；从法源寺中一共收缴出来金银钱财等物，价值约二十万两；田宅等不动产，大概值四十万两银子。因此，法源寺资不抵债，宣告破产。
但朱由检心善，不忍心让这群和尚饿死冻死，所以打算给他们找点出路。
合法的官度僧在回收度牒以后，就算是普通百姓、自由民了，有更多的选择；而没有度牒的私度僧，甚至更恶劣的伪造度牒的僧人，那就要治罪了。
按照大明律，私度僧是重罪，要打八十大板，他的师傅要打一百大板，打完以后遣返原籍。八十大板打完，人都没了，朱由检改肉刑为流放加劳役，送去辽东种地。
这场清算持续了三天，六部抽调来的官吏三班倒干活，最终北京城内统计有和尚六千余，其中只有两千是官度僧，剩下的四千多都是非法的。合法的放走，非法的集中收押。
道士有二千余，有度牒的和没有度牒的各半；喇嘛僧七百；清真寺僧三百。
共清查寺田三百万亩，将二百万亩充入公田，一百万亩拍卖，套现得白银二百八十万两。这些还仅仅是北京城一城之地的收获，巨大的利益让众臣一时失声！
其实朱由检干的事情，抛开各种合法的外衣，本质上就是强取豪夺，所以朝廷百官大都是持反对意见的。
朱由检也自知理亏，所以没指望通过正常的流程去推动这件事，但现在巨大的利益让朝廷的官员都红了眼，朝廷开始出现了不一样的声音。
