而东林党则试图掩盖真相，但这一年他们得罪的人太多了，好不容易抓到了东林党这么一个把柄，被东林党迫害的官员联合起来，把事情闹得越来越大，最终导致外朝舆论失控。
崇禎皇帝在十月得知此事后，快刀斩乱麻地进行了处理。
司礼监掌印小太监田佳壁因收受贿赂被杖毙。內阁大学士刘鸿训因私自篡改救书被削职问罪，张庆臻虽然越权行为引起了崇禎帝的警觉，但因其勛贵身份，只是被剥夺了职权，得以继续混吃等死，未遭重惩。
不过这个处理结果却让御史不满，只杖毙了一个小太监，什么大老虎都没抓住。
御史李觉斯认为朝廷的詔书由多部门审核，单凭司礼监一个小太监不可能完成此事，
要继续深挖，但崇禎强硬拒绝，压下了此事。
但崇禎內心对东林党的不满开始急剧上升。尤其是在6月份，袁崇焕杀了毛文龙，从针对东林党也开始怀疑了，东林党好像不是他想像当中的那样贤明。
东林党人为了挽回天子心中的好感，自然要不断的甩锅了，而最好的背锅对象自然是兵部尚书王在晋了。
刚当上兵部尚书的王在晋，位置刚坐下，就有一口这么大的黑锅扣下，他当然要想办法甩锅甩到內阁当中了，认为是內阁下的詔书出了问题。
內阁自然不可能承认了，认为是兵部管理失控，双方就这样不断甩锅了好几个月。
最终还是王在晋失去天子信任，崇禎有了罢免他的想法，只是一时还没找到合適的人选接任。紫禁城向来没有秘密，崇禎皇帝的心意很快就传到了下面，於是兵部的官员们都开始疏远王在晋，生怕被他牵连，
好在王在晋歷经宦海沉浮，对此看得很开。即便是知道自己可能会告老还乡，他也要站好最后一班岗。他拿起案台上的几份报捷文书，脸上还是露出了一丝欣慰的笑容，说道：“山西贼寇平定，我大明又少一处烽火了。”
他是崇禎元年被崇禎启用的，先任命为刑部尚书，后改为兵部尚书。在他担任兵部尚书的这一年里，福建巡抚熊文灿招抚了海盗郑芝龙，稳定了江南的局势。
今年8月，四川总兵侯柱良、兵备副使刘可训斩杀了奢崇明、安邦彦，西南土司之乱自此平定。加上现在山西叛逆平定。
一时间，大明的局势开始呈现好转的態势，只剩下陕北和辽东两处叛乱，从某种程度上来说，这也算是他领导有方。
王在普在山西行省上报功劳的名单中找到了贺涵，仔细翻阅他过往的战绩。果然，贺涵的表现极其彪悍，秀子营成立两年来，斩杀俘虏的贼寇有几万人。要是贺涵只是在关中表现强悍，王在晋或许还会觉得有夸大之嫌。但山西省战事的扭转，確实是从贺涵带领秀子营击溃叛军主力开始的，可以说是他带动了太原镇反攻的高潮。
“也算是战功卓著。”几天前，王在晋只见过几面的同年给他带来一封信，推举自己家乡的青年才俊贺涵去辽东战场，还送了他1万两的冰炭钱。
当时，王在晋本以为这是个官二代子弟，不过是在关中砍死了几个乱民，居然还敢到辽东去送死。如今看了贺涵的战报，他发现贺涵还真有几分名將的色彩，心中不禁希望他在辽东战场上也能有好的表现。他当是最后为国家举才了，可不是为了他这个同年一万两银子。
翌日，王在普郑重地上报了此次平定叛乱功劳的名单给內阁，同时註明可派遣此次平定叛乱的精锐之师去辽东对抗女真人，其中特意点名了秀子营。重点开展了贺涵和他秀子营的战绩。
王在晋上报的封赏奏章次日便得到了天子和內阁的同意。
然而，仅仅3日后，天子就下达了罢免他兵部尚书之职的圣旨，接任者是王洽。
