王莽快速覆亡之后，古文经学派的学官当然也随之受到打击，古文经典大量散佚，攀附王莽的古文经师遭到清算。
但是建立东汉的刘秀意识到两个学派之间的斗争可能带来的契机，并且同样不满意今文经学为他的王朝带来的意识形态和理论指导，于是继承了王莽的部分政策。
刘秀力排众议，不顾今文经学派的强烈抗议，又确立《左氏春秋》为正统学术，立学官，与今文经的《公羊春秋》并立。
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今文学派面对皇权的威慑不得不妥协。
但同时他们也认为，只要《周官礼》没有被立为正统学术，只要属于今文学派的《仪礼》还是雒阳朝廷的最高指导理论思想，那么无论《左氏春秋》那帮人在底下怎么折腾，今文学派主导朝政的主旋律不会改变。
更何况当时《公羊春秋》也还是正儿八经的官方学术，这一点同样没有改变。
于是古文经学派的势力依旧维持了一定规模，得以站在朝堂上持续和今文经学派展开斗争。
不过正如今文学派当时所判断的，只要《仪礼》作为整个东汉帝国的核心指导思想理论没有受到动摇，《左氏春秋》那帮人再怎么折腾，也是戴着镣铐跳舞的。
那个时候，尚且弱小的古文学派错过了这个窗口期，没能顺利站稳脚跟。
于是到汉章帝时期，在白虎观会议上，出于自身利益的考量，汉章帝决定再度统一学术思想，罢黜左氏春秋学官，使得古文经学派的学子不能继续通过学习左氏春秋而做官。
这一行为大大削弱了古文经学的势力，今文经学一度再次占据上风。
他们觉得他们可以就此高枕无忧了。
然而今文经学早在西汉后期就逐渐陷入了僵化和烦琐，且又与谶纬结合，流于妄诞，与更加务实、更加愿意迎合统治者的古文经学相比，失之活力和实际意义。
