各地医疗场所，每天排队上门求诊者多达万人，由于鼠疫对部分特定人群具有极高致死率，能够坚持下来得到救治的患者都属于体质比较强的。
皇太子令旨通过八百里加急传往江南各省，再三严令各地官员务必重视落实，若有阳奉阴违，执行不力者，全家流放东番。
各地衙门不敢耽搁，立即奉命采取遮断交通，严密检查的方式，围绕鼠疫最严重的一些州县组织起重重防线，防止疫情过度蔓延。
首先，长江沿岸禁止航行，片板不得入江，所有从船只集中当地州县码头，由军队统一管理，所有损失由当地衙门出资补助。
各地路口更是贴满了横幅，上书：南下逃难莫乱跑，服从安排管吃好，坚决打赢防疫战，天佑大明渡难关！
在上级官员的逐级严令下，江南各地贴出了禁止走亲访友的告示，有些地方的宣传口号颇为奇特，上书：今年上门，明年上坟！
有的地方，村口写着：此路禁行，外来人员私自进村等于屠我村庄！入者，人必残！
还有的地方，当地甲长面带口罩，手持青龙偃月刀守在村口，禁止任何外来人员进村，如有触及，毫不手软......
四月中，疫情得到控制，但仍在一定范围内扩散，究其原因，便是感染之人死去的尸体通过蝇虫传播病毒。
为此，朱慈烺专门召开了朝会，讨论过这个问题。
在他的示意下，在南京城汇报工作的两广总督杨士聪，在朝会上提议火化这些尸身，控制疫情传播。
没有意外，杨士聪遭到了群臣的抵制辱骂，在当时，火化相当于挫骨扬灰，谁愿意将自己的亲人烧成灰？这简直就是大逆不道！
