最终，刘宇亮被罢官夺职，薛国观如愿以偿登上首辅宝座。
然而，被卷入这场政治漩涡的孙传庭，却感到无比厌倦与疲惫。
此时他已年近五十，自从出任陕西巡抚以来，他对内清屯练兵、整顿吏治、
清查田亩；
对外追剿流寇、整军备战，去年更是受任于败军之际，奉命抵御清军。
他事必躬亲，夙夜操劳，身体早已透支。
从今年三月起，孙传庭突发耳疾，病情急剧恶化，竟至双耳完全失聪。
当时他尚在前线指挥作战，身前火炮轰鸣，他却只能看见火光和硝烟，听不见任何声音。
部下向他汇报军情，他也完全听不见，只能依靠纸笔书写来沟通。
由于孙传庭御下严格，一些早已不满的兵将，竟趁他耳聋，当面嘲讽揶揄，而他却茫然不知。
除了耳聋，他还时常感到头晕目眩，手足发麻，严重时甚至无法握笔处理公文。
一时间，军中流言四起，甚至有人胆大包天，趁夜在他衙署门前张贴匿名帖：「军门哑，总督聋，虽有苦情，谁陈九重？」
身心遭受如此重创，孙传庭终于忍无可忍。
于是上书皇帝，以「双耳失聪，手足麻痹，不堪驱策」为由，恳请辞去职务，回家养病，并推荐了自己的同年好友杨文岳接任保定总督。
然而，这封辞呈递到朱由检面前后，只得到了两个冷冰冰的大字：
不许！
在皇帝看来，自己肩负两京十三省的重担尚且没有叫苦，你孙传庭身为臣子，区区耳聋算什幺苦衷？
更何况，你刚刚才上书把朕和中枢重臣痛批了一番，现在就想一走了之？
简直是痴心妄想！
孙传庭无奈，只得再次上书，以家中老母年迈需要奉养为由，恳求皇帝放他归乡。
可无论他如何哀求，朱由检就是不信，还固执地认为他是在装病，是在以此要挟朝廷。
此时，杨嗣昌落井下石，上书弹劾孙传庭「谎称疾病，并非真聋」。
于是崇祯便顺水推舟，下令革去孙传庭所有职务，并派出御史杨一俊探查病情真伪。
杨一俊倒是个正直之人，经过仔细查访验证，如实上奏，证明孙传庭确实病情严重，并非推诿。
可朱由检此时已经对孙传庭心生恶感，根本不信。
他是铁了心要整治这个屡屡「犯颜直谏、装病诈伪」的臣子。
恰在此时，保定府学教谕尹三聘的一份奏疏，为皇帝提供了绝佳的借口。
尹三聘状告孙传庭「纵兵扰民，滥杀无辜」。
当初孙传庭率秦兵入卫京师，路过晋州时，曾派周泰、许汉二人前去采购草料。
不料此二人却被当地豪强徐映狐、贾思公等人杀害。
孙传庭派人查问时，他麾下的保定兵左襄等又遭对方毒手，连标兵守备也被刺伤。
孙传庭闻讯大怒，下令将凶徒一并擒拿，查明情由后，依军法处斩。
而这些人，恰好都是尹家家奴，尹三聘因此怀恨在心，遂藉机诬告。
朱由检正愁找不到借口，当即大喜过望。
于是他不顾尹家「以民杀兵」的事实，下令锦衣卫缇骑出动，将孙传庭锁拿进京，并打入诏狱。
不仅如此，就连据实回奏的御史杨一俊，也被扣上了「欺君罔上，包庇罪臣」的罪名，一同被被逮入狱。
此案一出，朝野上下无不为之震惊。
孙传庭战功赫赫，先有生擒闯王高迎祥，后又大胜清兵于太平寨。
如今耳聋病重，竟因为一豪强诬告而银铛入狱，简直令人心寒。
举朝上下，知其冤，哀其遇，却无人敢再为他发声求情。
众人心寒齿冷，愈发看清了皇帝刻薄寡恩的本性，以及杨、薛一党的权势。
一种兔死狐悲、万马齐喑的绝望氛围，笼罩了整个朝堂。
直臣下狱，奸佞当道，大明的气数，似乎真的快要尽了。
