此后历任永城知县、商丘知县，吏部验封司主事等官职。
孙传庭在天启年间，因不满魏忠贤专权祸国，于是愤而辞官，赋闲在家近十年之久。
直到崇祯八年，后金军二次入塞，他才重新崭露头角。
为了保家卫国，孙传庭毅然派出家丁王承嗣、孙剑等人，率领自家训练的乡勇私兵出击，成功击退了小股清军。
这件事，被时任山西巡抚的吴甡如实记录在《汇报擒斩虏贼功级情形疏》中，并上达天听：
“.内如乡绅训练亲丁，如吏部郎中孙传庭之遣王承嗣等，用飞炮击贼，贼以远遁；又遣孙剑等设伏，夺获马骡。”
正是这份奏疏，让焦头烂额的朱由检发现了这位在野的能臣，并急召其入京任职。
崇祯九年四月，因时任陕西巡抚甘学阔剿匪无力，致使陕西局势愈发糜烂。
震怒之下，崇祯下令将甘学阔押解京师，下狱问罪。
这已经是第三位折戟陕西的巡抚了，前有练国事被流放，后有李乔被削籍。
陕西巡抚这个职位，在朝堂上已到了“无人愿当、无人敢当”的境地。
值此危难之际，孙传庭挺身而出，主动要求前往陕西任事、
对此，朱由检大为感动，并特批给了孙传庭六万两银子，作为启动资金。
当然了，这笔钱也不是白拿的，崇祯对孙传庭提出了自己的要求：
“而今岁饷后，则听若自行设处，不中制”
意思就是以后治理陕西，募集兵员的钱粮全由孙传庭自行解决，中枢就不管了。
无奈之下，孙传庭也只能领了这笔银子，奔赴陕西上任。
但问题是，他面对的陕西，是一个“遍地皆寇，而问兵无兵，问饷无饷”的烂摊子。
官军与起义军在三秦大地上反复拉锯，天灾人祸并行。
在这片土地上的军民，每天都在饥饿与死亡线上挣扎。
孙传庭到任后，陕西的军事、政治、财政、法纪都已经到了崩溃的边缘。
以屯田为例，崇祯元年，陕西一带尚有屯田四十六万多顷在册。
但到了崇祯九年，仍在发挥作用的军屯连两万顷都不到。
陕西三边本就贫瘠，却还要供养瑞王、秦王、韩王、肃王等数位藩王。
所谓“陕西外供三镇，内给四王，民困已极”。
面对明末的危局，洪承畴、卢象升、孙传庭这三位巨头，分别开出了不同的药方。
洪承畴比较粗暴，倾向于以杀戮和劫掠，来解决人口和土地的矛盾；
卢象升则是依靠高超的治理能力和个人魅力，动员士绅百姓共度时艰；
而孙传庭不一样，他将矛头直指陕西本地的既得利益集团——豪强乡绅。
为了盘活陕西的经济与军事，孙传庭祭出了“治吏”和“清屯”两大杀器。
基于早年治理永城、商丘的经验，孙传庭上任的第一把火，便烧向了陕西的官场。
他要大力整顿吏治。
他在给崇祯的札子中明确指出：
“剿寇必先安民，而安民尤在于察吏”
孙传庭上任后，严令陕西各级郡县：
凡百姓诉讼问理，不得滥施刑罚，不得收取赎金；
凡是涉及到征收钱粮，不得额外勒索火耗；官府日用物资，必须按市价公平购买。
但问题是，规定虽然发下去了，陕西的官员们却大多不以为然。
大家来出做官是为了什么，不就是为了捞钱和晋升吗？
尤其是陕西这种四战之地，一不小心就会被反贼乱民杀了祭旗。
要是不趁机捞取好处、打点晋升之路，岂不是白来一遭？
大家都是官场中人，何必要求这么严格？
新官上任三把火，敷衍敷衍就行了。
可他们却大大低估了这位新巡抚改革积弊、挽救危局的决心。
孙传庭久在官场，深谙这些贪官污吏的秉性，这帮人都是些不见棺材不落泪的主。
于是他亲自部署，派遣心腹干吏四处探访；
与此同时，他又安排了各级侍郎、巡按、监察御史等人，在各州县来回巡视。
密探四处查访，很快便在泾阳县抓到了典型——推官何守谦。
何守谦这厮，在征税时加收羡耗每两达五分，其任内共收银二万三千七百多两，共加羡银一千一百多两。
他不仅多收，而且还在秤砣上动手脚。
他指示衙役定秤，每两比民间重了三分，称量的时候再故意高抬六七分。
这么一套操作下来，征收税银时每两就多征了一钱银子。
再加上前面的种种阴招，老百姓实际需要多缴纳将近百分之二十的税款！
最为恶劣的是，何守谦上任伊始，前任泾阳知县王程先就因为贪赃枉法，被孙传庭弹劾了一遍。
何守谦堪称“前腐后继”，从前任手上接过了贪污的接力棒，并将其继续发扬光大。
孙传庭得知消息后，暴跳如雷，立刻下令将何守谦锁拿问罪，严惩不贷。
其他官员，比如分守关西道的副使李公门，此人侵占官府钱粮多达万余，并且还替豪强之家逃避徭役。
事发后，这厮竟然还反咬一口，诬陷知府熊一元。
好在孙传庭明察秋毫，很快就查清了事情的原委。
李公文面对孙传庭的责问，居然还恬不知耻的认为只是训一下就过了，大不了自罚三杯，送点钱消灾了事。
没成想，孙传庭是动真格的。
