第二阶段总参谋部计划以巴拿马城为基础建造永久性海陆军基地，不仅要切断新西班牙和秘鲁总督区的陆上交通，还要在海上阻止其往来。
这也是暂且不在新西班牙总督区登陆的原因，这片区域人口众多，但物产相对贫瘠，很多东西都需要靠海上运输，完全自给自足很困难。
陛下建议以困代攻，先将秘鲁总督区的银矿从西班牙人手中夺过来，再慢慢经营巴拿马城和克隆港，解决美洲大陆东西两岸无法兼顾的窘境，让新西班牙总督区成为死地，不战而屈人之兵。
根据各战区的任务特点，经过与各部的仔细探讨，总参谋部向陛下推荐十名人选担任正副指挥官一职。
好望角战区总指挥为印度洋舰队恩鸟港驻守舰队指挥使燕不死，副总指挥为恩鸟港总督张永龄。统领印度洋舰队恩鸟港驻守舰队和第四、第五分舰队，共计21艘战舰、17艘武装货船，以及陆战都司鼍龙、玉衡两卫万余兵力。
作战目标很明确，切断好望角航线，守住恩鸟港，挫败任何针对恩鸟港的攻击行为，如果有比较好的机会，可以在确保自身安全的前提下，主动出击御敌于海外。
波斯湾战区总指挥由印度洋舰队都指挥使姐济亲领，陆战都司天权卫指挥使高烈任副总指挥。
率第二、第三分舰队共计15艘战舰、12艘武装货船游弋波斯湾、红海、阿拉伯海，监督沿岸势力动向，随时支援驻守在苏伊士港和法奥港的陆战都司巨蟹、天权两卫。
西域战区总指挥由陆军参谋长丁顺担任，西域都司都指挥使黄太极领副总指挥。统领西域都司本属30-34卫陆军和中西部都司9-12卫陆军，再调派两个卫新兵混编，允许从本地招募5万以内民夫协防。
以哈巴河城、塔城、德鲁日巴、亦力把里、乌什、喀什噶尔、撒里库尔为主要防御重心构建屏障，同时派遣骑兵部队前往布哈拉和突厥斯坦，协助两国军队进行阵地防御训练，保护其都城安全。
鄂毕河战区由于地理特殊性，总副指挥皆由原北方都司都指挥使袁大头和都指挥参谋长孙大炮担任，除本属的2、3卫陆军和第3骑兵卫外，再增派由西域都司改编的骑兵第6卫。
